MotoGP 第13戦 サンマリノGPの2回のフリー走行が9月7日（金）、ミサノ・ワールド・サーキット‐マルコ・シモンチェリで行われ、アンドレア・ドヴィツィオーゾ（ドゥカティ）がトップタイムをマークした。
気温23度、路面温度32度のドライコンディションの中、アンドレア・ドヴィツィオーゾは1分32秒198をマークし、3戦連続5度目となる初日総合1番手に進出した。2番手にも0.160秒差でホルヘ・ロレンソが続き、初日に1‐2番手に進出。
3番手には0.187秒差でカル・クラッチロー（LCR・ホンダ）、4番手には0.213秒差でマーベリック・ビニャーレス（モビスター・ヤマハ）が続いた。
以下、マルク・マルケス（レプソル・ホンダ）、ダニロ・ペトルッチ（アルマ・プラマック）、アレックス・リンス（スズキ）、バレンティーノ・ロッシ（モブスター・ヤマハ）、フランコ・モルビデッリ（EG 0,0 Marc VDS）、ヨハン・ザルコ（ヤマハ・テック3）がトップ10入り。ダニ・ペドロサ（レプソル・ホンダ）は11番手。
中上貴晶（LCR・ホンダ））は、今季11度目の転倒を喫して1.076秒差の15番手、初日総合16番手だった。
2018年 MotoGP 第13戦 サンマリノGP フリー走行2回目 結果
| 順位 | No. | Rider | Team | Time |
|---|---|---|---|---|
| 1 | 4 | アンドレア・ドヴィツィオーゾ | ドゥカティ・チーム | 1分32秒198 |
| 2 | 99 | ホルヘ・ロレンソ | ドゥカティ・チーム | 1分32秒358 |
| 3 | 35 | カル・クラッチロー | LCR・ホンダ・カストロール | 1分32秒385 |
| 4 | 25 | マーベリック・ビニャーレス | モビスター・ヤマハ MotoGP | 1分32秒411 |
| 5 | 93 | マルク・マルケス | レプソル・ホンダ・チーム | 1分32秒537 |
| 6 | 9 | ダニロ・ペトルッチ | アルマ・プラマック・レーシング | 1分32秒722 |
| 7 | 42 | アレックス・リンス | チーム・スズキ・エクスター | 1分32秒775 |
| 8 | 46 | バレンティーノ・ロッシ | モビスター・ヤマハ MotoGP | 1分32秒786 |
| 9 | 21 | フランコ・モルビデリ | エストレージャ・ガルシア・0,0・マーク・VDS | 1分32秒980 |
| 10 | 5 | ヨハン・ザルコ | モンスター・ヤマハ・テック3 | 1分32秒985 |
| 11 | 26 | ダニ・ペドロサ | レプソル・ホンダ・チーム | 1分32秒999 |
| 12 | 51 | ミケーレ・ピロ | ドゥカティ・チーム | 1分33秒005 |
| 13 | 19 | アルバロ・バウティスタ | アンヘル・ニエト・チーム | 1分33秒183 |
| 14 | 43 | ジャック・ミラー | アルマ・プラマック・レーシング | 1分33秒193 |
| 15 | 30 | 中上貴晶 | LCR・ホンダ・イデミツ | 1分33秒274 |
| 16 | 29 | アンドレア・イアンノーネ | チーム・スズキ・エクスター | 1分33秒423 |
| 17 | 45 | スコット・レディング | アプリリア・レーシング・チーム・グレシーニ | 1分33秒517 |
| 18 | 41 | アレイシ・エスパルガロ | アプリリア・レーシング・チーム・グレシーニ | 1分33秒654 |
| 19 | 6 | ステファン・ブランドル | HRC ホンダ・チーム | 1分33秒660 |
| 20 | 38 | ブラッドリー・スミス | レッドブル・KTM・ファクトリー・レーシング | 1分33秒815 |
| 21 | 17 | カレル・アブラハム | アンヘル・ニエト・チーム | 1分33秒878 |
| 22 | 10 | ザビエル・シメオン | レアーレ・アビンティア・レーシング | 1分33秒896 |
| 23 | 12 | トーマス・ルティ | エストレージャ・ガルシア・0,0・マーク・VDS | 1分34秒278 |
| 24 | 44 | ポル・エスパルガロ | レッドブル・KTM・ファクトリー・レーシング | 1分34秒461 |
| 25 | 55 | ハフィス・シャリン | モンスター・ヤマハ・テック3 | 1分34秒539 |
| 2 | 53 | ティト・ラバット | レアーレ・アビンティア・レーシング | 1分38秒154 |
