2021年のMotoGP 第3戦 ポルトガルGPが4月16日（金）にアウトードロモ・インテルナシオナル・ド・アルガルヴェで行われ、フランチェスコ・バグナイア（Ducati Lenovo Team）がトップタイムをマークした。
フランチェスコ・バグナイアは、唯一1分40秒台を突破。開幕戦カタールGPの公式予選2以来今季2度目のトップタイム、MotoGPクラス3年目で初めて初日総合1番手に進出した。
2番手タイムはファビオ・クラルタラロ（Monster Energy Yamaha MotoGP）、3番手にはジョアン・ミル（Team SUZUKI ECSTAR）。また、今大会で復帰を果たしたマルク・マルケス（Repsol Honda Team）は6番手タイムで初日のセッションを終えた。
| 順位 | ライダー | チーム | マシン | タイム |
|---|---|---|---|---|
| 1 | F・バニャイア | Ducati Lenovo Team | Ducati | 1’39.866 |
| 2 | F・クアルタラロ | Monster Energy Yamaha MotoGP | Yamaha | 1’40.206 |
| 3 | J・ミル | Team SUZUKI ECSTAR | Suzuki | 1’40.285 |
| 4 | A・リンス | Team SUZUKI ECSTAR | Suzuki | 1’40.328 |
| 5 | J・ミラー | Ducati Lenovo Team | Ducati | 1’40.336 |
| 6 | M・マルケス | Repsol Honda Team | Honda | 1’40.339 |
| 7 | M・ビニャーレス | Monster Energy Yamaha MotoGP | Yamaha | 1’40.426 |
| 8 | J・ザルコ | Pramac Racing | Ducati | 1’40.490 |
| 9 | M・オリベイラ | Red Bull KTM Factory Racing | KTM | 1’40.592 |
| 10 | 中上貴晶 | LCR Honda IDEMITSU | Honda | 1’40.611 |
| 11 | A・マルケス | LCR Honda CASTROL | Honda | 1’40.732 |
| 12 | P・エスパルガロ | Repsol Honda Team | Honda | 1’40.743 |
| 13 | L・マリーニ | SKY VR46 Esponsorama | Ducati | 1’40.761 |
| 14 | A・エスパルガロ | Aprilia Racing Team Gresini | Aprilia | 1’40.907 |
| 15 | V・ロッシ | Petronas Yamaha SRT | Yamaha | 1’41.125 |
| 16 | L・サバドーリ | Aprilia Racing Team Gresini | Aprilia | 1’41.140 |
| 17 | B・ビンダー | Red Bull KTM Factory Racing | KTM | 1’41.183 |
| 18 | D・ペトルッチ | Tech 3 KTM Factory Racing | KTM | 1’41.187 |
| 19 | F・モルビデリ | Petronas Yamaha SRT | Yamaha | 1’41.216 |
| 20 | E・バスティアニーニ | Esponsorama Racing | Ducati | 1’41.836 |
| 21 | I・レクオーナ | Tech 3 KTM Factory Racing | KTM | 1’42.461 |
| 22 | J・マルティン | Pramac Racing | Ducati | 1’42.921 |
